Lab. Bioteknologi

Laboratorium bioteknologi di BVet Bukittinggi menyediakan satu uji yaitu PCR. PCR merupakan uji dengan pemanfaat teknologi pendekteksian DNA/RNA. Uji PCR ini adalah suatu teknik melipatgandakan DNA spesifik dari pathogennya,sehingga menghasilkan jumlah DNA yang cukup untuk dilakukan pengujian. Melalui teknik PCR ini, dalam waktu yang singkat dapat dihasilkan DNA dalam jumlah besar.Prinsip kerja PCR terdiri atas beberapa siklus yang dilakukan berulang-ulang sebanyak 20 sampai 30 kali. Setiap siklus tersebut terdiri atas tiga tahapan.

 

Tahapan prinsip kerja PCR adalah sebagai berikut :

1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi.

Pada tahap ini (berlangsung pada suhu tinggi, 94-96°C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA menjadi untaian tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR ini dilakukan agak lama (hingga 5 menit) untuk memastikan semua berkas DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap menjadi template bagi primer. Durasi tahap ini sekitar 1-2 menit.

2. Tahap penempelan atau annealing.

Pada tahap ini, primer menempel pada bagian DNA template yang komplementer urutan basanya.  Proses ini dilakukan pada suhu antara 45-60°C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di sembarang tempat. Durasi tahap ini berkisar antara 1-2 menit.

3. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari jenis DNA-polimerase (P pada gambar) yang dipakai. Dengan taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76°C. Durasi tahap ini  berlangsung selama 1 menit.

 

Proses / tahapan uji PCR meliputi :  

• Persiapan bahan yang akan diuji (DA/Swab/Basuhan vagina atau preputium)
• Nested (persiapan bahan untuk ekstraksi DNA)
• Ekstraksi DNA
• PCR
• Elektroforesis

 

Tujuan pengujian :

1. Infectious Bovine Rhinotracheitis (IBR)

    Metode Pengujian   :  Conventional PCR (cPCR)

    Jenis Spesimen       :  Swab nasal

    Pengawet               :  Viral Transport Medium

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

2. Bovine Viral Diarrhea (BVD)    

    Metode Pengujian   :  Conventional RT-PCR (cRT-PCR)

    Jenis Spesimen       :  Darah minimal 2 tabung

    Pengawet               : Antikoagulan

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

3. Jembrana Disease Virus (JDV)

    Metode Pengujian   :  Conventional RT-PCR (cRT-PCR)

    Jenis Spesimen       :  Darah minimal 2 tabung 

    Pengawet               : Antikoagulan

    Lama Pengujian      :  3 hari

4. Mycobacterium Avium Subtype paratuberculosis

    Metode Pengujian   :  Conventional PCR (cPCR)

    Jenis Spesimen       :  Feses, susu

    Pengawet               :  Dingin/Beku

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

5. Tricomonas foetus

    Metode Pengujian   :  Conventional PCR (cPCR)

    Jenis Spesimen       :  Air Basuhan Vagina/preputium

    Pengawet               :  Segar

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

6. Hog Cholera / Swine Flu (H1N1)

    Metode Pengujian   :  Real Team PCR (qRT-PCR)

    Jenis Spesimen       :  Swab nasal

    Pengawet               :  Viral Transport Medium

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

7. Avian Influenza (AI)

   Metode Pengujian   :  Real Time -PCR (RT-PCR)

   Jenis Spesimen       :  Kloaka/pharink Swab

   Pengawet              :  Viral Transport Medium

   Lama Pengujian     :  3 hari

 

8. Rabies

    Metode Pengujian   :  Real Time PCR (qRT-PCR)

    Jenis Spesimen       :  Otak

    Pengawet               :  Segar/Dingin

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

9. Newcastle Disease Virus (NDV)

     Metode Pengujian   :  Real Time PCR (qRT-PCR)

    Jenis Spesimen       :  Swab Trakea/Kloaka /Lingkungan, organ

    Pengawet               :  Swab Trakea/Kloaka /Lingkungan (Viral Transport Medium), Organ (Dingin/beku)

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

10. Pemalsuan Daging/Identifikasi Spesies (Babi)

     Metode Pengujian   :  Conventional PCR (cPCR)

    Jenis Spesimen       :  Produk olahan Hewan, Daging

    Pengawet              :  Dingin/Beku

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

11. African Swine Fever (ASF)

    Metode Pengujian   :  Real Team PCR (qRT-PCR)

    Jenis Spesimen       :  Organ, Darah, Swill Feeding

    Pengawet               :  Dingin/Beku

    Lama Pengujian      :  3 hari

 

12. Porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS)    

      Metode Pengujian   :  Real Team PCR (qRT-PCR)

      Jenis Spesimen       :  Swab nasal

      Pengawet               :  Viral Transfer Medium

      Lama Pengujian      :  3 hari

 

13. Classical Swine Fever (CSF)

      Metode Pengujian   :  Real Team PCR (qRT-PCR)

      Jenis Spesimen       :  Darah

      Pengawet               :  Antikoagulan

      Lama Pengujian      :  3 hari

 

14. Penyakit Mulut dan Kuku (PMK)

 

      Metode Pengujian   :  Real Tiam PCR (cRT-PCR)

      Jenis Spesimen       :  Cairan oropharing, Jaringan lesi

      Pengawet               :  Cairan oropharing (Viral Transport Medium), Jaringan lesi (Segar/Dingin)

      Lama Pengujian      :  3 hari

 

15. Lumpy Skin Disease (LSD)

 

      Metode Pengujian   :  Real Time PCR (qRT-PCR)

      Jenis Spesimen       :  Swab Nasal, Kerokan Nodul, Cairan Nodul/Biopsi Nodul

      Pengawet               :  Swab Nasal (Viral Transport Medium, Kerokan Nodul), Cairan Nodul/Biopsi Nodul (Segar)

      Lama Pengujian      :  3 hari

 

16. Ovine Rinderpest (PPR)

      Metode Pengujian   :  Conventional PCR (cPCR)

      Jenis Spesimen       :  Swab Nasal

      Lama Pengujian      :  3 hari

 

17. Malignant Catarrhal Fever (MCF)

      Metode Pengujian   :  Conventional PCR (cPCR)

      Jenis Spesimen       :  Organ. darah

      Pengawet               :  Organ (Dingin/Beku), Darah (Antikoagulan)

      Lama Pengujian      :  3 hari

 

18. Salmonella spp dan Salmonella Enteritidis

      Metode Pengujian   :  Conventional PCR (cPCR)

      Jenis Spesimen       :  Swab Kloaka/lingkungan

      Pengawet               :  Viral Transport Medium

      Lama Pengujian      :  3 hari